Modelo de occupacion estatico

El paquete por exelencia para analisis de abundancia en fauna.

• Modela ocupación, abundancia y densidad de animales NO marcados.
• Analogo al programa Presence
• Contrasta con el programa Mark

• Single-season site occupancy model (MacKenzie et al., 2002)
• Royle-Nichols model (Royle and Nichols, 2003)
• Binomial N-mixture models (Royle, 2004b)
• Multinomial N-mixture models (Royle, 2004a)
• Distance sampling models (Royle et al., 2004)
• “Open population” versions of the above: (MacKenzie et al., 2003; Chandler et al., 2011; Dail and Madsen, 2011)

• Las unidades de muestreo son los sitios
• Idealmente debe haber por lo menos 3 visitas por sitio
• Las covariables idealmente en otra tabla.
• Coviariables de sitio y covariables de observacion (varias tablas).

Las tres tablas se enlazan en un objeto especial llamado unmarkedFrame

umf <- unmarkedFrame (y = detections,
                      siteCovs = sitedata,
                      obsCovs = list(wind=viento, date=fecha))

Ejemplo del modelo estatico (Mackenzie 2002), una temporada (single season).

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vinieta de unmarkedFrameOccu

# Fake data
R <- 4 # number of sites
J <- 3 # number of visits
y <- matrix(c(1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,0,1), nrow=R, ncol=J, byrow=TRUE)
site.covs <- data.frame(x1=1:4, x2=factor(c('A','B','A','B')))
obs.covs <- list(
   x3 = matrix(c(-1,0,1,-2,0,0,-3,1,0,0,0,0), nrow=R, ncol=J, byrow=TRUE),
   x4 = matrix(c(
      'a','b','c',
      'd','b','a',
      'a','a','c',
      'a','b','a'), nrow=R, ncol=J, byrow=TRUE))
umf <- unmarkedFrameOccu(y=y, siteCovs=site.covs, obsCovs=obs.covs) # organize data
umf                     # look at data
summary(umf)            # summarize      
fm <- occu(~1 ~1, umf)  # fit a model

Paquetes: R2jags, spatstat, raster, rgeos, sp

• Ademas deben traer muchas ganas y...
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