R/search_mammalcol.R
search_mammalcol.RdThis function takes a list of Mammal species names, searches for their data in the MammalCol pacakage dataset, and returns a data frame containing the relevant information for each species.
search_mammalcol(splist, max_distance = 0.2)A character vector containing the names of the species to search for.
The maximum allowed distance for fuzzy matching of species names. Defaults to 0.2.
A data frame containing the retrieved information for each species.
The function allows fuzzy matching for species names with a maximum distance threshold to handle potential typos or variations in species names.
library(mammalcol)
splist <- c("Tapirus bairdii", "Tapirus pinchaque", "Tapirus terrestris",
"Tapirus terrestris", "tapir terrestre", "Pudu mephistophiles")
search_mammalcol(splist)
#> The following names are repeated in the 'splist': Tapirus terrestris
#> name_submitted kingdom phylum class order family
#> 1 Tapirus bairdii Animalia Chordata Mammalia Perissodactyla Tapiridae
#> 2 Tapirus pinchaque Animalia Chordata Mammalia Perissodactyla Tapiridae
#> 3 Tapirus terrestris Animalia Chordata Mammalia Perissodactyla Tapiridae
#> 5 Pudu mephistophiles Animalia Chordata Mammalia Artiodactyla Cervidae
#> genus specificEpithet taxonRank scientificNameAuthorship
#> 1 Tapirus bairdii Especie (Gill, 1865)
#> 2 Tapirus pinchaque Especie (Roulin, 1829)
#> 3 Tapirus terrestris Especie (Linnaeus, 1758)
#> 5 Pudu mephistophiles Especie (de Winton, 1896)
#> taxonRemarks
#> 1 Elevación (m): 0-1000
#> 2 Elevación (m): 1400-4000
#> 3 Elevación (m): 0-2400
#> 5 Elevación (m): 3000-3500
#> bibliographicCitation
#> 1 HERSHKOVITZ P. 1954. Mammals of northern Colombia. Preliminary report No. 7: Tapirs (genus Tapirus), with a systematic review of American species. Proceedings of the United States National Museum 103:465-496.
#> 2 ARIAS-ALZATE A, CC DOWNER, C DELGADO-V y J SÁNCHEZ-LONDOÑO. 2010. Un registro de tapir de montaña (Tapirus pinchaque) en el norte de la Cordillera Occidental de Colombia. Mastozoología Neotropical 17:111-116.
#> 3 ARIAS-ALZATE A, JA PALACIO VIEIRA y J MUÑOZ-DURAN. 2009. Nuevos registros de distribución y oferta de hábitat de la danta colombiana (Tapirus terrestris colombianus) en las tierras bajas del norte de la Cordillera Central (Colombia). Mastozoología Neotropical 16:19-25.
#> 5 ALBERICO M, A CADENA, JI HERNÁNDEZ-CAMACHO y Y MUÑOZ-SABA. 2000b. Mamíferos (Synapsida: Theria) de Colombia. Biota Colombiana 1:43-75.
#> inMDD Col_redlist
#> 1 1 EN A2cd+ B1ab (i,ii,iii)+ B2ab (i, ii, iii)
#> 2 1 EN A4cd
#> 3 1 VU A4cd
#> 5 1 EN A2cd B1ab (i; ii; iii; iv; v) \r\n
#> distribution
#> 1 Antioquia | Chocó | Córdoba
#> 2 Antioquia | Cauca | Cundinamarca | Huila | Meta | Nariño | Quindío | Risaralda | Tolima | Valle del Cauca | Caldas | Caquetá | Putumayo
#> 3 Antioquia | Amazonas | Arauca | Caquetá | Cauca | Cesar | Córdoba | Guainía | La Guajira | Meta | Magdalena | Vaupés | Vichada | Guaviare | Casanare | Norte de Santander | Putumayo
#> 5 Cauca | Huila | Nariño | Risaralda | Quindío | Tolima | Valle del Cauca
#> source endemic
#> 1 Proceedings of the United States National Museum 103:465-496 No
#> 2 Mastozoología Neotropical 17:111-116 No
#> 3 Mastozoología Neotropical 16:19-25 No
#> 5 Biota Colombiana 1:43-75 No
#> english_name
#> 1 Central American Tapir
#> 2 Mountain Tapir
#> 3 Lowland Tapir
#> 5 Northern Pudu
#> id
#> 1 gbif.org/species/2440897
#> 2 urn:lsid:catalogueoflife.org:taxon:4f2010e3-5e17-11e7-8cee-bc764e092680:col20170824
#> 3 urn:lsid:catalogueoflife.org:taxon:4f200f4b-5e17-11e7-8cee-bc764e092680:col20170824
#> 5 urn:lsid:catalogueoflife.org:taxon:4f167916-5e17-11e7-8cee-bc764e092680:col20170824
#> Distance
#> 1 12
#> 2 14
#> 3 16
#> 5 17