Este post es parte de el curso Introducción al fototrampeo
INTRODUCCIÓN
El estudio de mamíferos medianos y grandes en bosques tropicales suele ser difícil ya que muchas de estas especies son crípticas, nocturnas y esquivas, dificultando su detección. Los métodos tradicionales requieren de la captura de los animales y suelen ser costosos, de difícil manejo y poco efectivas. Por esta razón, estas técnicas han sido reemplazadas rápidamente por la técnica del fototrampeo, la cual usa cámaras fijas que se activan para captar imágenes de animales en el momento que pasan frente a la cámara, mediante sensores infrarrojos.
Las cámaras trampa son utilizadas en investigaciones biológicas como una herramienta importante para determinar distintos parámetros ecológicos como densidad, ocurrencia, riqueza, entre otros. Las ventajas de esta técnica son muy amplias, por lo que su uso es cada vez más frecuente. Por esta razón es importante conocer las características de los equipos, los alcances y limitaciones del empleo de cámaras, así como tener claridad sobre el tipo de datos arrojados con esta técnica y su interpretación. El éxito de esta técnica, como de cualquier otra, depende a su vez de un adecuado planteamiento de las preguntas de investigación y diseño de muestreo, así como una base conceptual sólida que permita alcanzar los objetivos de investigación.
En este curso queremos hacer una introducción general al fototrampeo donde los participantes entiendan como funcionan las cámaras trampa, que consideraciones se deben tener para el diseño de un estudio con fototrampeo, así como una introducción a tres análisis básicos (estimación de riqueza, abundancia relativa y horarios de actividad).
OBJETIVOS
Capacitar estudiantes de pregrado y personas interesadas en entender el uso y los alcances de la técnica del fototrampeo.
Entender de manera general como se diseña un estudio con fototrampeo y como se analizan e interpretan los datos derivados con énfasis en riqueza, abundancia relativa y patrones de actividad.
METODOLOGÍA
El curso está estructurado en dos grandes temas. El primero concerniente a la técnica propiamente dicha y el segundo relacionado con las preguntas de investigación y su análisis. Todas las sesiones son teórico-prácticas y para los ejercicios de montaje de cámaras se hará una práctica corta al interior de la Universidad Nacional. Al finalizar el curso se entregará una carpeta digital con material relacionado como libros y artículos y las presentaciones en pdf, así como los códigos en R usados en las demostraciones.
Libro
El curso incluye el Libro Fototrampeo en R de Salvador Mandujano:
Indice de Abundancia Relativa (RAI)
Recuerda que el RAI es el número de fotos por unidad de esfuerzo de muestreo y puede ser expresado con la siguiente formula
\[
RAI = \dfrac{Número de fotos independientes}{dias de camara * 100}
\]
y ten muy encuenta que:
RAI no es exactamente un buen estimado de abundancia
Por eso mejor llamarla Frecuencia de Captura (Capture Rate).
Pueden ver una revision muy interesante en el articulo:
Veamos un ejemplo
Cargar Paquetes
Primero cargamos algunos paquetes de R
Code
library(grateful)# Facilitate Citation of R Packageslibrary(patchwork)# The Composer of Plotslibrary(readxl)# Read Excel Fileslibrary(sf)# Simple Features for Rlibrary(mapview)# Interactive Viewing of Spatial Data in Rlibrary(tmap)library(tmaptools)# library(terra) # Spatial Data Analysislibrary(readr)# Read Rectangular Text Datalibrary(camtrapR)# Camera Trap Data Management and Preparation of Occupancy and Spatial Capture-Recapture Analyses # library(adehabitatHR) # Home Range Estimation# library(agricolae) # Statistical Procedures for Agricultural Research# library(akima) # Interpolation of Irregularly and Regularly Spaced Data# library(fuzzySim) # Fuzzy Similarity in Species Distributions# library(MASS) # Support Functions and Datasets for Venables and Ripley's MASSlibrary(RColorBrewer)# ColorBrewer Paletteslibrary(DT)# A Wrapper of the JavaScript Library 'DataTables'# library(RAIeR) # Relative abundance index and encounter rate estimation cameratrapslibrary(kableExtra)# Construct Complex Table with 'kable' and Pipe Syntaxlibrary(tidyverse)# Easily Install and Load the 'Tidyverse'# source("C:/CodigoR/CameraTrapCesar/R/organiza_datos.R")
Carguemos los datos
Son dos archivos uno de las cámaras y otro de las especies.
reportTest[[1]] esfuerzo_muestreo. camera trap operation times and image date ranges
reportTest[[2]] number of species by station
reportTest[[3]] number of events and number of stations by species
reportTest[[4]] registros_especies. number of species events by station
reportTest[[5]] number of species events by station including 0s (non-observed species)
Code
#now build the camp opsp_rec$start_time<-as.POSIXct(sp_rec$start_time, format ="%Y-%m-%d %H:%M")# survey_rep<-surveyReport(recordTable =sp_rec, CTtable =cameras1, speciesCol ="spanish_common_name", stationCol ="deployment_id", setupCol ="start_date", retrievalCol ="end_date", recordDateTimeCol ="start_time", makezip =F# prepara un archivo .zip, False here #sinkpath = "data_out",# camOp = cam_op) # directorio donde guardara .zip)#> #> -------------------------------------------------------#> [1] "Total number of stations: 27"#> #> -------------------------------------------------------#> [1] "Number of operational stations: 27"#> #> -------------------------------------------------------#> [1] "n nights with cameras set up (operational or not. NOTE: only correct if 1 camera per station): 4531"#> #> -------------------------------------------------------#> [1] "n nights with cameras set up and active (trap nights. NOTE: only correct if 1 camera per station): 4531"#> #> -------------------------------------------------------#> [1] "total trapping period: 2024-01-03 - 2024-08-28"
Calculemos el RAI
Tip
Recuerda que el RAI es en realidad mas una tasa de captura que una abundancia.
# primero convertimos el RAI2 a un sfRAI2<-RAI2|>st_as_sf(coords =c('longitude', 'latitude'), crs =4326)# veamos el mapatm_shape(RAI2)+tm_dots("Camera", col ="black", fill ="black")+tm_symbols(fill ="red", col ="white", size ="RAI_camara", scale =1.5)+tm_facets(by ="common_name")+#, ncol = 5) +tm_legend_hide()
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Angélica},
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